In BMBF-geförderten interdisziplinären Arbeitschwerpunkten (z.B. im Institut für Mikrobiologie und Tierseuchen) werden Mikroorganismen, die dem Menschen gefährlich werden können, untersucht. Lebensmittel-bedingte Zoonosen werden in einem großen Forschungsverbund (Food-born zoonotic infections in humans) bearbeitet. Die beteiligten Forschungseinrichtungen aus der Human- und Tiermedizin analysieren in verschiedenen Projekten wichtige Erreger wie Salmonella, Campylobacter, Yersinia und Shigatoxin bildende Escherichia coli.  Im Projekt ‚Porkchip’ wird die Entwicklung eines Systems zum schnellen und parallelen Nachweis von wirtschaftlich und gesundheitlich relevanten Krankheitserregern des Schweins innerhalb der gesamten Lebensmittelkette vorangetrieben. Unter Federführung des Instituts für molekulare Parasitologie der Humboldt-Universität zu Berlin sind das IZW und das Institut für Mikrobiologie und Tierseuchen in Kooperation mit der New York University Mitglied an einem internationalen DFG-Graduiertenkollegs (GRK 1121/1) beteiligt. Das Graduiertenkolleg bearbeitet mögliche Interaktionen zwischen Pathogenen und ihren Wirten auf zellulärer Ebene.