Die Probenlösung darf kein Phenolrot enthalten, dies schädigt die Flowcell und führt zum kostenintensiven Austausch derselben.

Weitere schädigende und wenn möglich zu vermeidende Substanzen in der Probenlösung sind PI und DAPI.

Bei der Auffanglösung gibt es keine Einschränkungen. Für Zellen, die nach dem Sort weiter kultiviert werden sollen, ist es meist von Vorteil, sie in NKS aufzufangen.